Penonaktifan belasan pegawai KPK tersebut juga berdampak pada terhentinya beberapa kasus korupsi besar yang tengah ditangani.
Diantaranya kasus Korupsi dana bansos, Kasus Korupsi Simulator Sim, Korupsi benih lobster yang melibatkan menteri Edhy Prabowo, hingga kasus Harun Masiku. Buntutnya hal ini dapat melemahkan KPK.