Polisi sebelumnya mengatakan kerusuhan itu terjadi karena perselisihan antara geng Los Lobos dan Los Choneros yang menguasai penjara.
Kolonel Mario Pazmino, mantan direktur intelijen militer Ekuador, mengatakan kerusuhan tersebut adalah kejahatan transnasional yang terorganisir.
"Mereka ingin menabur ketakutan," katanya kepada kantor berita The Associated Press. Ia juga mendesak agar pemerintah menyerahkan kendali penjara kepada Polisi Nasional.
"Semakin radikal dan kekerasan cara mereka membunuh, semakin mereka mencapai tujuan," tambahnya.
Kerusuhan tersebut bukanlah pertama kali terjadi di penjara Ekuador. Awal tahun ini, sedikitnya 79 napi tewas dalam kerusuhan di tiga penjara.
Sistem penjara Ekuador memiliki 65 fasilitas yang dirancang untuk sekitar 30.000 narapidana. Namun kenyataannya, ada 39.000 napi yang sedang dipenjara.
Selain kelebihan kapasitas, sistem penjara Ekuador juga tengah menghadapi kekurangan staf yang cukup kronis.