Wahono menjadi salah satu pejabat Kementerian Keuangan (Kemenkeu) yang turut terseret dugaan kejanggalan harta kekayaan mantan pejabat DJP Rafael Alun.
KPK menemukan istrinya memiliki saham di dua perusahaan perumahan milik istri Rafael Alun. Perusahaan tersebut berupa usaha perumahan di Minahasa Utara dengan luas 6,5 hektare.