Ia lalu melanjutkan pendidikannya dengan mondok di Kiai Said Tegal, lalu Kiai Muhammad Abdul Malik bin Muhammad Ilyas bin Ali di Purwokerto, Jawa Tengah.
Habib Luthfi juga sempat mendapatkan beasiswa untuk belajar di Hadramaut Yaman Selatan, selama tiga tahun.
Dan pada 1963, ia memperoleh talqin tariqah dari Syekh Muhammad Abdul Malik, salah satu mursyid tariqah Naqsabandiyah Khalidiyah Syazaliyah asal Purwokerto yang bermukim di Mekah.
Karena itulah, Habib Luthfi dikenal sebagai ulama yang menguasai beragam cabang ilmu agama Islam. Di antaranya nasyru syari’ah, thariqah, tasawuf, kitab-kitab hadis, tafsir, sanad, riwayat, dirayat, nahwu, tauhid, bacaan-bacaan aurad, hizib-hizib, kitab-kitab shalawat, kitab thariqah, sanad-sanadnya, nasa hingga kitab-kitab kedokteran.
Kontributor : Damayanti Kahyangan