Tak cukup di legislatif, Thaher melirik kursi bupati dan wakil bupati, namun ia selalu kalah dalam pemungutan suara.
Hal itu tak membuatnya patah semangat dan kembali menjajal Pilkada 2018 bersama calon wakilnya, Petrus Beruatwarin hingga keluar sebagai pemenang dan dilantik menjadi Bupati dan Wakil Bupati Maluku Utara.
Thaher-Petrus berhasil mengungguli suara dari lawannya yakni Anggelius Renjaan dan Hamzah Rahayaan, serta pasangan Esebius Utha Safsafubun dan Abdurrahman Matdoan.
Keberhasilan Thaher-Petrus adalah berkat dukungan empat partai yakni Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), Partai Amanat Nasional (PAN), Partai Keadilan Sejahtera (PKS) dan Partai Gerakan Indonesia Raya (Gerindra).
Thaher Hanubun diisukan nikahi korban pemerkosaan
Karier Thaher yang mentereng kini dilanda isu pemerkosaan, diawali dengan laporan terduga korban melalui laporan Polda Maluku yang tercatat dengan nomor TBL/230/IX/2023/MALUKU/SPK.
Pelapor adalah TSA (21) yang berprofesi sebagai karyawati di salah satu kafe.
TSA telah memberikan keterangan di Polda Maluku dan telah menjalani visum di RS Bhayangkara didampingi UPTD PPA Provinsi Maluku.
Adapun TSA melapor diperkosa oleh Thaher Hanubun pada April 2023.
Baca Juga: Bupati Maluku Tenggara Minta Polisi Tangkap Pemicu Konflik Warga Desa Bombay dan Desa Elath
Kini, bergulir isu bahwa Thaher menikah secara siri dengan TSA.