Dalam menjalankan program terkait kesehatan, PKBI di berbagai daerah banyak bekerja sama dengan Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional (BKKBN) serta Departemen Kesehatan.
"Kami berkonsolidasi dengan BKKBN, kemudian paling tidak di daerah itu kerjasama dengan Depkes. Jadi tidak ada masalah di daerah juga. Hanya dengan Menteri dan Sekjen Kemenkes saja kita bermasalah, tapi di daerah lain sebetulnya tidak bermasalah karena mereka dan kita sudah lama bekerja sama," katanya.