Infografis
Untuk mendukung kerja Badan Khusus ini, dibentuk lembaga kesekretariatan Badan Khusus yang berkantor di Jayapura, Papua. Keberadaan kantor di Jayapura ini berfungsi sebagai titik koordinasi dan pusat administrasi untuk memudahkan komunikasi pemerintah pusat dengan pemerintah daerah Papua dalam pelaksanaan program percepatan pembangunan.
Namun, seperti dijelaskan Mendagri Tito Karnavian, kantor tersebut bukan merupakan kantor Wakil Presiden secara permanen, melainkan kantor kesekretariatan badan khusus yang dapat digunakan Wapres saat berada di Papua untuk memimpin rapat atau koordinasi lapangan terkait tugas percepatan pembangunan Papua.
