Ia mengkritik keras nota kesepahaman (MoU) antara TNI dan Kejaksaan Agung mengenai pengamanan jaksa.

Mahfud menilai MoU tersebut cacat hukum karena menabrak undang-undang.
"Ia menilai nota kesepahaman (MoU) tersebut melanggar undang-undang, karena seharusnya pengamanan dilakukan oleh Polri atau atas permintaan dari Polri."
Ia menduga kuat kerja sama dengan TNI itu adalah jalan pintas yang diambil Kejaksaan.
"Mahfud menduga kerja sama ini muncul karena banyak hal yang tidak berjalan di Kejaksaan jika harus melalui jalur kepolisian."
Pernyataan ini seolah mengonfirmasi adanya ketidakpercayaan yang mendalam antara dua institusi penegak hukum tersebut.