Sejak tahun 1999, Balai Pendidikan dan Latihan Pelayaran Ujung Pandang berganti nama menjadi Politeknik Ilmu Pelayaran (PIP) Makassar yang sekarang dikenal, dengan program pendidikan Diploma-IV Pelayaran. Pergantian nama ini dilakukan seiring dengan perubahan nama Kotamadya Ujung Pandang yang kembali menjadi Makassar di tahun yang sama (1999), tepat di akhir masa pemerintahan Presiden B.J. Habibie.
Sebagai Perguruan Tinggi, PIP Makassar sejak tahun 2014 telah terakreditas B oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) untuk 3 (tiga) Program Studi. Bulan Agustus tahun 2021 Program Studi Nautika mendapatkan akreditasi A (Unggul). Untuk akreditasi Program Studi Teknika dan Ketatalaksanaan Angkutan Laut dan Kepelabuhanan serta akreditasi lembaga sedang dalam proses.