Sebelum diusulkan jadi calon Deputi Gubernur BI oleh Presiden Joko Widodo, Filianingsih menjabat sebagai Kepala Departemen Kebijakan Sistem Pembayaran sejak tahun 2019.
Filianingsih Hendarta berpengalaman dalam sistem pembayaran digital. Dirinya adalah lulusan sarjana di bidang Hukum Universitas Airlangga pada tahun 1985 dan mendapatkan gelar master di bidang Economics and Finance dari Boston University, Amerika Serikat pada tahun 1992 silam.