Perlindungan keanekaragaman hayati juga dilakukan oleh SBI Pabrik Cilacap di lahan tambang batu gamping di Pulau Nusakambangan dengan melakukan penanaman pohon asli (endemik Nusakambangan) di semua area pascatambang dan menyediakan rumah bibit.
Berdasarkan survei Fauna Flora International (FFI) tahun 2010–2011, beberapa fauna dan flora endemik hidup di hutan alam Nusakambangan, di antaranya Macan Tutul Jawa (panthera pardus melas) dan kelelawar endemik Pedan Jawa (Nycteris javanica) yang berstatus terancam punah menurut International Union for Conservation Nature (IUCN) Red List, serta kelelawar endemik Prok-bruk Jawa (Rhinolophus canuti).