Pada IBD UC, komplikasi yang dialami pasien bisa berupa toxic megalocon atau pembengkakan usus besar yang beracun. Perforated colon atau lubang pada usus besar hingga dehidrasi berat dan meningkatkan risiko Kanker Usus Besar.
Sedangkan pada pasien IBD CD, komplikasi yang terjadi berupa bowel obstruction, malnutrisi, fistulas, dan anal fissure atau robekan pada jaringan anus.