Sepanjang karirnya, beliau pernah menduduki berbagai jabatan di Kementerian Kesehatan RI antara lain:
- Kepala Biro Perencanaan Kemenkes 1983 – 1988
- Direktur Jendral Pelayanan Medis, Kemenkes 1988-1994
- Staf Ahli Menteri Kesehatan 1994 – 1999
- Ketua Panitia Penilaian Kesehatan Calon Presiden dan Calon Wakil Presiden tahun 2004
- Anggota Panitia Penilaian Kesehatan Calon Presiden dan Calon Wakil Presiden tahun 2009 - 2018
- Assesor Kompetensi Teknis SDM untuk penilaian calon- calon pejabat tinggi Kementerian dan Instansi Non Kementerian
- Anggota Panitia Seleksi Calon Pejabat Tinggi Kemenkes 2013-2018
- Anggota Badan Eksekutif WHO di Geneva 1996-1999
- Anggota Board, The Global Fund, Geneva (2004 – 2008)
- Consultant – penasehat di Kementerian Kesehatan RI dan Bappenas
- Anggota Dewan Kehormatan PB-IDI (2006 – sekarang)
- Ketua Majelis Kehormatan Etik Kedokteran (MKEK) IDI (2003 –2006)
- Anggota MKEK – PB IDI (1990 – 2018)
- Anggota Ikatan Ahli Kesehatan Masyarakat Indonesia (IAKMI)
- Ketua Majelis Kehormatan Etik Kedokteran (MKEK) IDI (2018-2021)
Dr Broto Wasisto juga merupakan salah satu Tim Perumus Repelita II sampai ke VI, RPJMN I dan II serta berbagai kebijakan pembangunan kesehatan di Indonesia.