Para tenaga pendidik pada masa awal berdirinya Pondok Pesantren Pembangunan Bustanul Ulum adalah KH. Sulaiman Rais, M. Yono, KH. Syuhudi Mubarok, M. Rozi, M. Iswan, Suparno M.K, Kiai Sukri Kholil, Husnul Badar, Fauzan Husni, Marni Soim, Siti Maimunah, Siti Maskuroh dan Kunti Mujiati.
Pondok Pesantren Pembangunan Bustanul Ulum memiliki landasan falsafah serta pedoman dalam dalam melaksanakan proses pembelajaran dan transfer ilmu-ilmu agama yang dikenal dengan Panca Sakti.
Panca Sakti yang digagas KH Syuhudi Mubarok ini meliputi berjiwa ikhlas, tujuan yang jelas, mengharapkan ridho Allah, hati yang bersih dan selalu ingat Allah.
Sebelum adanya asrama bagi para santri, kegiatan belajar mengajar di Ponpes Bustanul Ulum berlangsung di kediaman Syuhudi Mubarok. Pada tahun 1996, ponpes menyediakan asrama (tempat tinggal santri yang datang dari berbagai tempat).
Sistem pendidikan dan pengajaran yang digunakan di Madrasah Aliyah Bustanul ‘Ulum ini menggunakan kurikulum yang memadukan antara sistem pesantren salaf maupun modern dengan sistem yang berlaku pada sekolah-sekolah modern.
Buku-buku, bahan serta sumber pembelajaran disusun khusus sesuai dengan tingkatan di madrasah sebagaimana yang berlaku di sekolah umum tanpa meninggalkan kekhasan dari madrasah ini yakni dengan mempertahankan pengajaran ilmu-ilmu agama klasik (salaf).