Ketentuan lain yang bermasalah ialah kedudukan dan peran lembaga perwakilan, yaitu menyejajarkan DPD dengan alat kelengkapan DPR karena penyusun UU MD3 beralasan DPD menyampaikan pertimbangannya atas RUU ke alat kelengkapan DPR, seharusnya DPD menyampaikannya ke forum pembahasan RUU dengan DPR dan Presiden.
Berikutnya, DPR tidak membahas dan menindaklanjuti hasil pengawasan DPD atas pelaksanaan UU, seharusnya DPR melakukannya sebagai manifestasi checks and balances.
Sedangkan materi ayat, pasal, atau bagian UU MD3 yang banyak tidak sesuai dengan prinsip-prinsip penyelenggaraan negara yang bersih dan bebas KKN seperti penghapusan bagian penyidikan untuk anggota DPR, DPD, dan DPRD provinsi/kabupaten/kota; penghapusan ketentuan pejabat yang disandera habis masa jabatannya atau berhenti dari jabatannya yang bersangkutan dilepas dari penyanderaan demi hukum; penghapusan kewajiban DPR untuk melaporkan pengelolaan keuangan negara kepada publik dalam laporan kinerja tahunan; memindahkan fungsi Badan Anggaran DPR ke alat kelengkapan yang lain (komisi), kendati MK memutuskan agar Banggar DPR tidak membahas dan menetapkan alokasi anggaran per program yang bersifat tahunan dan tahun jamak; akuntabilitas anggota DPD; penghapusan larangan memberikan gratifikasi kepada anggota DPR, serta penutupan peluang masyarakat untuk mengajukan pengaduan kepada Badan Kehormatan (BK) DPR.
RUU Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 27 Tahun 2009 adalah rumusan Panitia Kerja (Panja) RUU Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 27 Tahun 2009. Tanggal 24 September 2013, Rapat Pleno Badan Legislasi DPR menerima laporan Panja RUU MPR, DPR, DPD, dan DPRD. Berikutnya tanggal 28 Januari 2014, Rapat Paripurna DPR menyetujui RUU itu sebagai usul inisiatif dan membentuk Panitia Khusus (Pansus) RUU MD3.
RUU Perubahan Atas UU MPR, DPR, DPD, dan DPRD ditargetkan selesai sebelum pelantikan anggota DPR dan DPD periode 2014-2019 tanggal 1 Oktober 2014.
Pimpinan DPD sempat menyurati pimpinan DPR melalui surat nomor HM.310/358/DPD/VII/2014 tanggal 8 Juli 2014 perihal pandangan dan usulan DPD terhadap RUU MPR, DPR, DPD, dan DPRD, namun pimpinan DPR tidak merespon hingga saat pengesahannya. Namun, Rapat Paripurna DPR tanggal 8 Juli 2014 mengesahkan RUU Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 27 Tahun 2009.