Akan tetapi, Wali Kota Bogor malah menerbitkan Surat Keputusan Nomor 645.45-137 Tahun 2011 tentang Pencabutan IMB GKI Yasmin pada tanggal 11 Maret 2011. Wali Kota Bogor tidak mau mematuhi putusan MA tersebut dengan alasan karena adanya pemalsuan tanda tangan oleh Munir Karta yang kala itu menjabat sebagai ketua RT.
Alhasil, Wali Kota Bogor pun mencabut IMB GKI Yasmin. Tak hanya ke MA, jemaat membawa masalah ini ke Ombudsman RI. Ombudsman lantas mengeluarkan rekomendasi dengan nomor 0011/REK/0259.2010/BS-15/VII/2011 pada 8 Juli 2011 tentang pencabutan keputusan Wali Kota Bogor tentang IMB GKI Yasmin, tetapi tetap tidak ada tindakan dari Pemerintah Kota Bogor.
