Selanjutnya, 1.720 permasalahan merupakan ketidakpatuhan terhadap ketentuan peraturan perundang-undangan sebesar Rp29,70 triliun dan 1.118 permasalahan terkait kelemahan sistem pengendalian intern (SPI).
Dalam permasalahan 3E, 95,9 persen atau 3.043 permasalahan merupakan ketidakefektifan sebesar Rp218,56 miliar, 127 permasalahan ketidakhematan sebesar Rp1,42 triliun, dan 3 permasalahan ketidakefisienan sebesar Rp1,59 miliar.
IHPS II Tahun 2021 merupakan ringkasan dari 535 laporan hasil pemeriksaan (LHP), terdiri atas 3 LHP Keuangan, 317 LHP Kinerja, dan 215 LHP Dengan Tujuan Tertentu.
IHPS II Tahun 2021 ini juga menyajikan hasil pemantauan atas pelaksanaan tindak lanjut rekomendasi hasil pemeriksaan, penyelesaian ganti kerugian negara/daerah, dan pemanfaatan hasil pemeriksaan investigatif, penghitungan kerugian negara, dan pemberian keterangan ahli.