Adapun usai penandatanganan Perjanjian Kerajaan Belanda dengan Kekaisaran Inggris pada 13 Agustus 1814, kekuasaan Maluku dikembalikan ke tangan Belanda.
Thomas sontak menolak kekuasaan Belanda lantaran beberapa kebijakan dinilai merugikan rakyat, salah satunya adalah Belanda tidak membayar para guru-guru Kristiani yang berdarah Pribumi serta mecanangkan sistem uang kertas yang membuat Gereja Maluku tidak bisa membantu kaum miskin.
Kiprah Pattimura di Pemberontakan Ambon 1817
Adapun nama 'Kapitan Pattimura' diberikan kepada Thomas Matulessy usai memimpin rakyat Maluku, khususnya di pulau Saparua melawan penjajah Belanda yang kian waktu semakin menyengsarakan rakyat.
Perjuangan Pattimura ditemani oleh sederet perwira yakni Said Perintah, Anthony Reebhok, Paulus Tiahahu, dan putrinya Christina Martha Tiahahu.
Bersama perwira-perwiranya, Pattimura menerjang Benteng Duurstede dan berhasil menembus pertahanan Belanda. Usai berhasil mengusir Belanda, Pattimura mengambil alih benteng tersebut sebelum berhasil direbut kembali oleh Belanda.
Pattimura dikhianati, ditangkap, dan dieksekusi
Meski menunjukkan perlawanan yang gigih bersama rakyat Maluku, Belanda menghimpun kembali kekuasaan mereka dan merebut Benteng Duurstede yang memiliki nilai strategis.
Nahas, Pattimura dikhianati oleh Pati Akoon yakni seorang raja Booi yang memberikan informasi vital ke Belanda.
Berkat informasi tersebut, tentara Belanda berhasil menangkap Pattimura, kemudian mengadilinya bersama beberapa perwira Maluku yakni Anthony Reebhok, Philip Latumahina, dan Said Parintah dengan hukuman gantung.