Namun ternyata SBY tidak menuntaskan masa jabatannya sebagai Menkopolhukam. Ia mundur dari kabinet Megawati pada 11 maret 2004 atau sebulan sebelum Pilpres.
Beredar isu pengunduran diri tersebut dilakukan karena SBY merasa didzalimi oleh Megawati sehingga ia memilih untuk mundur.
Menjadi Rival di Pemilihan Presiden
Pada Pilpres 2004, SBY memutuskan untuk maju sebagai calon presiden berpasangan dengan Jusuf Kalla sebagai calon wakil presiden.
Pasangan itu berhadapan dengan Megawati yang juga maju sebagai calon wakil presiden dengan menggaet Hasyim Muzadi sebagai calon wakil presidennya.
Setelah melewati sejumlah tahapan pilpres, pasangan SBY-Kalla berhasil memenangkan pertarungan dengan meraup 39.838.184 atau 33,57 persen suara.
Sementara pasangan Megawati-Hasyim Muzadi harus puas hanya dengan 31.569.104 atau 26,61 persen suara.
Kekalahan ini membuat Megawati terpukul dan seakan tidak mau melepaskan kursi kepresidenannya kepada SBY yang notabene mantan anak buahnya.
Dua Kali Dikalahkan oleh SBY
Baca Juga: Kompak Pakai Baju Biru, Ekspresi Megawati dan SBY saat Semeja di G20 Sama-Sama Saling Menghindar?
Pada Pilpres 2009, Megawati kembali maju sebagai calon presiden berpasangan dengan Prabowo Subianto sebagai calon wakil presiden.
Dan kali ii ia kembali bertemu dengan SBY yang maju lagi sebagai calon presiden dengan Boediono sebagai calon wakil presidennya.
Tak disangka, Megawati harus menelan pil pahit untuk kedua kalinya. Ia kembali dikalahkan oleh SBY dalam pilpres.
Pada pilpres 2009 Megawati kalah telak dari SBY yang mendapatkan 73.874.562 atau 60,8 persen suara rakyat Indonesia. Sementara, Megawati hanya mengantongi 32.548.105 atau 26,79 suara.
Dua kali kekalahan itu membuat suhu politik Megawati dan SBY semakin memanas. Bahkan selama SBY menjadi presiden, Megawati memenuhi undangan SBY untuk hadir pada peringatan Hari kemerdekaan RI di istana Negara.
Megawati baru kembali hadir di Istana Negara dalam peringatan hari kemerdekaan RI pada 2015, ketika Joko Widodo menjadi presiden.