5. Penculikan Aktivis 1997-1998
Penculikan aktivis 1997-1998 adalah penghilangan paksa para aktivis pro-demokrasi. Peristiwa ini terjadi di antara waktu Pemilu Legislatif Indonesia 1997 dan lengsernya Presiden Soeharto pada tahun 1998.
Kasus penculikan aktivis ini dilakukan oleh kelompok khusus yang dibentuk Mayor Bambang Kristiono dengan nama Tim Mawar. Dari operasi tersebut, tercatat ada 13 aktivis yang masih hilang dan sembilan lainnya telah dilepas oleh si penculik.
6. Kerusuhan Mei 1998
Akibat adanya krisis moneter di era Orde Baru, tercipta kerusuhan pada 13 Mei-15 Mei 1998, di Ibu Kota Jakarta. Peristiwa yang dikenal dengan nama Kerusuhan Mei 1998 itu juga terjadi di beberapa daerah lainnya.
Pada kerusuhan ini, tidak sedikit toko dan perusahaan yang dihancurkan oleh amukan massa. Khususnya, milik warga keturunan Tionghoa yang diruntuhkan rakyat pribumi. Adapun titik kerusuhan terbesar terjadi di Jakarta, Medan dan Surakarta.
7. Tragedi Trisakti dan Semanggi I-II
Tragedi Trisakti adalah peristiwa penembakan terhadap mahasiswa demonstran pada 12 Mei 1998. Mereka melakukan unjuk rasa untuk menuntut Soeharto turun dari jabatannya. Kejadian ini menewaskan empat mahasiswa Universitas Trisakti serta puluhan lainnya mengalami luka.
Sementara Tragedi Semanggi I merupakan pelanggaran HAM yang terjadi pada tanggal 11-13 November 1998. Hal ini didasarkan pada dua aksi protes masyarakat dan mahasiswa terhadap pelaksanaan dan agenda Sidang Istimewa MPR di awal pemerintahan Presiden BJ Habibie.
Aksi tersebut menewaskan 17 warga sipil setelah terlibat bentrokan dengan aparat. Kemudian, pada 24 September 1999, tragedi yang disebut Semanggi II terjadi. Ini karena adanya rencana penerapan UU Penanggulangan Keadaan Bahaya (PKB).
Penembakan terhadap mahasiswa pun kembali dilakukan. Berdasarkan catatan Kontras, ada 217 orang luka-luka dan 11 orang meninggal, termasuk Yap Yun Hap. Ia adalah mahasiswa Universitas Indonesia di kawasan Semanggi, Jakarta.
8. Pembantaian Dukun Santet Banyuwangi
Pembantaian Dukun Santet Banyuwangi atau yang juga dikenal sebagai Pembantaian Banyuwangi 1998 adalah salah satu pelanggaran HAM. Peristiwa yang terjadi pada Februari sampai September itu menelan ratusan korban.
Pembantaian yang termasuk salah satu kasus pelanggaran HAM berat di Indonesia itu belum terpecahkan hingga kini. Sebab, motif dan siapa dalang di balik peristiwa tersebut masih belum diketahui secara pasti.
9. Peristiwa Simpang KKA Aceh