Pada tahun 1989 saat Muktamar NU Krapyak, KH Ali Yafie terpilig sebagai wakil Rais Aam PBNU. Tahun 1991-1992, KH Ali Yafie juga ditunjuk jadi Penjabat (Pj) Rais Aam PBNU.
Kemudian pasa tahun 1998-2000, KH Ali Yafie menjabat sebagai Ketua Umum MUI menggantikan posisi KH Hasan Basri. Pada tahun 2002-2005, Ulama fiqih ini menjadi Rektor IIQ (Institut Ilmu Al-Qur'an) Jakarta.
KH Ali Yafie juga diketahui aktif menulis buku khususnya dibidang fiqih. Adapun salah satu bukunya yang pernah beliau tulis berjudul Menggagas Fikih Sosial: dari Soal Lingkungan Hidup, Asuransi hingga Ukhuwah yang terbit tahun 1995 oleh Penerbit Mizan Bandung.
Kontributor : Ulil Azmi