Wahono turut terseret pada perkara dugaan kejanggalan harta kekayaan Rafael Alun, setelah KPK menemukan istrinya memiliki saham di dua perusahaan perumahan milik Ernie Meike. Dua perusahaan itu adalah usaha perumahan di Minahasa Utara dengan luas 6,5 hektare
"Bahwa perusahaan yang dua ini, pemegang sahamnya selain istri RAT (Rafael), ada lagi istri orang pajak juga. Kita sebut namanya saudara Wahono Saputro," ungkap Kepala Bidang Pencegahan KPK Pahala Nainggolan pada Rabu (8/3/2023) lalu.