Selama menjabat sebagai Deputi Penindakan KPK, Irjen Karyoto sudah menangani sejumlah kasus. Di antaranya kasus korupsi izin ekspor benih lobster yang menjerat Menteri KKP, Edhy Prabowo, hingga kasus korupsi Bansos Covid-19.
Hingga dugaan korupsi pengadaan tanah PD Sarana Jaya di Munjul Jakarta Timur dan masih berproses hingga saat ini.