Selain itu selama pengerjaan, para pekerja dihadapkan pada kondisi cuaca berupa curah hujan tinggi. Hal ini membuat penanganan dan proses penggalian menjadi lebih ekstra.
Lapisan beton yang digunakan pada konstruksi terowongan di proyek KCJB memiliki standar yang paling tinggi (high performance concrete) dalam sejarah konstruksi di Indonesia. Struktur beton yang digunakan seperti struktur bunker sehingga memberikan keamanan dalam operasional KCJB.