Buya Yahya melanjutkan pendidikan ke luar negeri. Pada tahun 1996, beliau berangkat ke Universitas Al-Ahgaff di Hadramaut, Yaman. Universitas ini dikenal sebagai salah satu tempat pendidikan Islam yang terkemuka di Timur Tengah.
Setelah menamatkan pendidikan di Yaman selama 10 tahun, Buya Yahya kembali ke Indonesia dan mendirikan Pesantren Al-Bahjah di Cirebon, Jawa Barat.
Kelimuan Buya Yahya juga diakui dalam dunia akademik dengan pemberian gelar Profesor Kehormatan (Honoris Causa) dalam bidang Hukum Islam dari Universitas Sultan Agung (UNISSULA) Semarang.
Hal itu menunjukkan bahwa selain sebagai seorang ulama dan pendakwah, Buya Yahya juga diakui keahliannya dalam bidang hukum Islam secara akademis. Gelar tersebut menjadi pengakuan atas kontribusinya dalam mengembangkan pemahaman tentang hukum Islam di Indonesia.
Walau sudah mendapat gelar profesor, Buya Yahya terus menerus mendalami ilmu agama melalui berbagai kitab kuno, karya para ulama besar, serta menghadiri berbagai majelis ilmu untuk memperdalam pemahaman agama.
Hal ini yang membuatnya mampu memberikan kontribusi yang sangat besar bagi masyarakat Indonesia, terutama dalam hal dakwah Islam yang moderat dan damai. Pendidikan Buya Yahya memberikan pengaruh besar dalam dakwah yang dilakukan di Pesantren Al-Bahjah yang ia kelola.