Otak penderita BPD juga tampak seolah-olah mengalami perubahan struktural dan fungsional di area yang terkait dengan hal-hal seperti regulasi emosional, tetapi tidak jelas apakah perubahan tersebut adalah penyebab atau akibat dari kondisinya.
Terkait faktor lingkungan, banyak penderita BPD melaporkan kejadian trauma masa kecil, termasuk pelecehan, penelantaran, dan hubungan yang tidak stabil dengan orang tua.