Sebelumnya, BPOM belum bisa memberikan izin kelanjutan proses pengembangan uji klinis tahap II pada Vaksin Nusantara. Akibatnya, pengembangan vaksin tersebut harus melakukan perbaikan standar prosedur terlebih dahulu. Banyak penyimpangan atau pelanggaran protokol uji klinik yang dilakukan dalam uji klinik fase I vaksin tersebut.
Kepala BPOM Penny K. Lukito mengatakan tim peneliti vaksin tersebut justru didominasi orang asing. Padahal, vaksin digembar-gemborkan sebagai karya anak bangsa.
Pada saat hearing antara BPOM bersama Komnas Obat dan Tim Pakar lengkap pada tanggal 16 Maret 2021 lalu terungkap bahwa ada 9 Peneliti Asing dari Amerika Serikat yang melakukan aktifitas penelitian di RS Kariadi Semarang yang didampingi oleh peneliti dari Undip Semarang.
