Pada umumnya, bakteri melakukan reproduksi secara aseksual atau tidak kawin. Bakteri membelah diri dengan proses pembelahan biner, yaitu setiap sel membelah dirinya menjadi dua.
Meski begitu, masih mungkin juga bakteri melakukan reproduki secaa seksual. Caranya dengan melakukan pertukaran materi genetik dengan bakteri lainnya. Proses itu juga dikenal dengan istilah rekombinasi DNA.