(4) Desain logo dan bendera daerah tidak boleh mempunyai persamaan pada pokoknya atau keseluruhannya dengan desain logo dan bendera organisasi terlarang atau organisasi/ perkumpulan/ lembaga/gerakan separatis dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Adapun terkait desain logo dan bendera organisasi terlarang secara eksplisit cantumkan dalam penjelasan Pasal 6 Ayat 4. Bendera bintang kejora dan logo burung mambruk bukan lambang daerah, melainkan lambang gerakan separatis di Provinsi Papua. Berikut penjelasan;
Yang dimaksud dengan desain logo dan bendera organisasi terlarang atau organisasi/ perkumpulan/lembaga/gerakan separatis dalam ketentuan ini misalnya logo dan bendera bulan sabit yang digunakan oleh gerakan separatis di Provinsi Aceh, logo burung mambruk dan bintang kejora yang digunakan oleh gerakan separatis di Provinsi Papua, serta bendera benang raja yang digunakan oleh gerakan separatis di Provinsi Maluku.