Selain angkutan penumpang, Pelni juga melayani 45 trayek kapal perintis yang menjadi sarana aksesibilitas bagi mobilitas penduduk di daerah 3TP di mana kapal perintis menyinggahi 285 pelabuhan dengan 3.811 ruas.
Pelni juga mengoperasikan sebanyak 16 kapal Rede. Sedangkan pada pelayanan bisnis logistik, kini Pelni mengoperasikan 9 trayek tol laut serta 1 trayek khusus untuk angkutan ternak.