Penjelasan lain yang mungkin adalah bahwa pola makan dapat memengaruhi bakteri di usus yang sering disebut sebagai mikrobioma usus. Penelitian menemukan hubungan yang kuat antara kesehatan usus dan fungsi otak. Misalnya, bakteri sehat di usus menghasilkan sekitar 90 persen neurotransmitter serotonin yang memengaruhi suasana hati.
Selain itu, penelitian awal menunjukkan adanya hubungan potensial antara mikrobioma usus yang sehat dan tingkat depresi yang lebih rendah.