Lion Air dengan nomor penerbangan 789, jenis MD-82, gagal terbang di Bandara Wolter Monginsidi, Kendari, akibat salah satu rodanya kempes.
3 Februari 2005
Lion Air dengan nomor penerbangan 791, jenis MD-82 rute Ambon-Makassar, tergelincir saat mendarat di Bandara Hasanuddin, Makassar.
12 Februari 2005
Lion Air dengan nomor penerbangan 1641, jenis MD-82 rute Mataram-Surabaya, tergelincir ketika akan take off di Bandara Selaparang, Mataram. Roda depan pesawat keluar landasan sekitar setengah meter di sebelah utara pinggir landasan pacu.
6 Mei 2005
Lion Air dengan nomor penerbangan 778, jenis MD-82 rute Jakarta-Makassar, mengalami pecah ban saat mendarat di Bandara Hasanuddin, Makassar. Sehingga pilot terpaksa menghentikan pesawat di landasan pacu sebelum mencapai lapangan parkir.
24 Desember 2005
Lion Air dengan nomor penerbangan 792, jenis MD-82 rute Jakarta-Makassar-Gorontalo, tergelincir saat mendarat di Bandara Hasanuddin, Makassar.
18 Januari 2006
Lion Air dengan nomor penerbangan 778, jenis MD-82 rute Ambon-Makassar-Surabaya, tergelincir saat mendarat di Bandara Hasanuddin, Makassar.
4 Maret 2006
Lion Air penerbangan 8987, MD-82 rute Denpasar-Surabaya tergelincir saat mendarat di Bandara Juanda, Surabaya faktor cuaca buruk.
24 Desember 2006
Lion Air dengan nomor penerbangan 792, jenis PK-LIJ Boeing 737-400 rute Jakarta-Makassar-Gorontalo, tergelincir saat mendarat di Bandara Hasanuddin, Makassar.
9 Mei 2009
Lion Air dengan nomor penerbangan PK-LIL, jenis MD-90 tergelincir di Bandara Soekarno-Hatta, Jakarta.
3 November 2010
Lion Air dengan nomor penerbangan 712, PK-LIQ Boeing 737-400 rute Jakarta-Pontianak-Jakarta, tergelincir di Bandara Supadio, Pontianak.
14 Februari 2011
Lion Air dengan nomor penerbangan 598, jenis Boeing 737-900 ER rute Jakarta-Pekanbaru, tergelincir saat mendarat di Bandara Sultan Syarif Kasim II, Pekanbaru. Namun insiden ini tidak ada korban jiwa.
15 Februari 2011
Lion Air dengan nomor penerbangan JT 0295, jenis Boeing 737-900 ER rute Medan-Pekanbaru-Jakarta, tergelincir saat mendarat di Bandara Sultan Syarif Kasim II, Pekanbaru. Semua roda pesawat keluar dari landasan pacu, namun semua penumpang selamat.
23 Oktober 2011
Lion Air dengan nomor penerbangan JT 673 tergelincir sepanjang 15 meter dari landasan pacu di Bandara Sepinggan, Balikpapan, Kalimantan Timur. Kedua roda pesawat terperosok.
30 Desember 2012
Lion Air tergelincir di Bandara Supadio, Pontianak, pukul 22.00 WIB malam.
13 April 2013
Sekitar pukul 15.00 WITA, pesawat Lion Air jenis Boeing 737-800 NG rute Bandung-Bali terjatuh di laut dekat Bandara Ngurah Rai, Bali, saat hendak mendarat. Kecelakaan ini menyebabkan badan pesawat patah. Semua penumpang yang berjumlah 101 orang dan 7 awak pesawat dalam kondisi selamat meski ada beberapa yang mengalami luka-luka.
29 Oktober 2018
Lion Air dengan nomor penerbangan JT-610 jatuh di perairan Tanjung Karawang, Jawa Barat. Sebanyak 189 penumpang yang terdiri dari orang dewasa, anak-anak dan bayi masih dinyatakan hilang.