REGIONAL:
Sampel EIJK0141 diambil pada tanggal 17 Maret 2020 di Jakarta, sedangkan ITD853Sp tanggal 25 Maret 2020 di Surabaya. Artinya, antara tanggal 10 Januari ke 17 Maret dan 25 Maret, sudah berapa kali berpindah/ menular antar orang? Berapa jumlah turunannya sampai hari ini? Sudah beredar dimana saja? Data ITD yang satu lagi (arah jam 4) juga ‘menarik’ karena ‘tercecer’. Menjadi clues ada dinamika tersendiri di Jawa Timur.
Bagaimana sih dua sampel ini bisa tidak punya teman sampel lain di dunia? (1) boleh jadi, ketika sampel yang masuk ke nextstrain lebih dari 5040, akan ketemu temannya. (2) Tidak banyak teman bisa berarti bahwa jalur ini paling tidak fit sehingga tidak berkembang, tapi somehow berhasil keluar dari Tiongkok dan masuk Indonesia sekitar tanggal 10 Januari 2020 tersebut. (3) Tidak banyak teman bisa juga berarti paling fit/ canggih strateginya, tidak banyak ketahuan karena tidak menimbulkan gejala, tapi sudah menularkan. (4) Dari 5040 data yang dengannya pohon filogenetik dibuat, ada yang secara kualitas kurang baik dan mempengaruhi pohon secara keseluruhan. Misal, jalur/ cabang yang anggotanya hanya 2 dari Indonesia itu, nyata atau tidak? Jika di kemudian hari dikoreksi sehingga cabang ini hilang dan bergabung dengan cabang lain, maka estimasi masuk Indonesia akan auto-geser.
Sekali lagi, tidak bisa buru-buru disimpulkan bahwa dua sampel Indonesia di atas lebih ganas/ lemah, lebih menular / lebih berdamai, atau interpretasi lain. Kecuali, kalau data klinisnya konsisten menunjukkan bahwa anggota jalur ini viral load-nya selalu tinggi (atau rendah), kondisinya parah atau tidak, dll. Atau, kalau dieksperimenkan di lab, dan antar jalur yang berbeda menunjukkan infeksi yang berbeda. Selama tidak ada data-data ini, maka kita hanya bisa sebatas menyimpulkan ada genetic diversities di Indonesia; tapi ya masih sars-cov-2.
Nah, kalau benar di Indonesia kisaran tangal 10 Januari 2020 sudah ada, tetapi tidak pernah ada kasus terkonfirmasi sampai dengan 2 Maret 2020, apa yang terjadi dengan orang-orang yang terinfeksi antara tanggal 10 Januari s.d 1 Maret 2020? Hmm, antara sakit sendiri, sembuh sendiri (kalau infeksi ringan), atau tidak sempat diperiksakan, memburuk, dan meninggal sendiri (untuk infeksi berat). Ya, sembuh sendiri dari dulu ada. Begitu juga mati sendiri tanpa ada penanganan.
Ada yang bertanya begini: “Kalau benar sejak 10 Januari sudah di Indonesia, sekarang sudah tepat 4 bulan, berarti sudah mendekati berakhir dong, dibanding misal baru 9 minggu sejak 2 Maret?” Hmm, itu terdengar seperti ada yang memberi saran: “Kalau kelelawar tidak mati karena sars-cov-2, bagaimana kalau cari antibodinya kelelawar saja, terus dibuat vaksin?” Hmm, terdengar spektakuler, seperti saran minum desinfektan!
Nah, kalau PSBB mau mulai direlaksasi, apakah itu keputusan yang benar kalau kita tahu bahwa ‘musuh’ yang dihadapi macam-macam dan arus masuk dari luar, dan juga transmisi lokal masih terus terjadi? Para dokter dan analis di lab sedang berjibaku. Di saat bersamaan, kondisi makin sulit bagi banyak orang. Di Jabar misalnya, biasanya 9 juta warga yang perlu bantuan, sekarang total yang mengajukan sudah 38 juta kata Pak Gubernur.
Terima kasih yang mencapture-kan gambar ini dengan MacOs, untuk membuktikan bahwa Anda pun juga bisa kalau ke nextstrain sendiri. Teman saya sama sekali bukan orang biologi, Otaknya lebih moncer dibanding saya dalam membaca analisis-analisis nextstrain, setelah saya briefing sedikit dulu. Bahkan saya tawarkan, kalau mau pelajari program MEGA yang simpel, atau pelajari dulu sedikit statistik terkait filogenetik, terus pelajari program Mr.Bayes dan RaxML kalau mau konstruksi pohon sendiri. Ada program-program lain juga.
TERPOPULER
