Sejak pemerintahan Soeharto lengser film ini tak lagi menjadi tontonan wajib di stasiun televisi. Hal ini dilakukan karena menurut Departemen Penerangan, film tersebut sudah tidak relevan dengan dinamika reformasi saat itu.
Penghentian pemutaran film G30S/PKI ini pun mendapat dukungan dari para sutradara salah satunya Eros Djarot yang menilai film ini merupakan propaganda Order Baru.
Selain itu, Ketua Umum Pengurus Besar Persatuan Artis Film Indonesia (PB PARFI) periode 1993-1998, Ratno Timoer, pun turut menolak pemutaran film tersebut.
Sementara itu, arsip pemberitaan Harian Kompas pada 30 September 1998 melaporkan bahwa pemberhentian film tersebut karena sudah terlalu sering ditayangkan sehingga kualitas gambarnya kabur atau buram.
Ganti Judul
Setelah memutuskan menghentikan pemutaran film G30S/PKI, Dirjen Kebudayaan Depdikbud, Edi Sedyawati, menggantinya dengan film 'Bukan Sekedar Kenangan' sebagai tayangan penunjang yang diputar setiap tanggal 30 September.
Film ini bercerita tentang trauma seorang kepala keluarga saat mengingat peristiwa G30S/PKI. Film ini berdurasi 72 menit dan diperankan oleh Dina Lorenza, Atalarik Syach, dan Derry Drajat.