Untuk tarif, Pemprov DKI Jakarta menetapkan harga termurah yang dibayar penumpang adalah Rp 3.000. Sementara yang termahal pada jalur tahap I ini adalah Rp 14.000.
Dalam beroperasinya, kereta pertama MRT (Ratangga) berangkat dari Stasiun Lebak Bulus pada jam 05.30 WIB dan untuk kereta terakhir pemberangkatan Stasiun Bundaran HI menuju Lebak Bulus pukul 22.01 WIB.
Dalam dua hari pengoperasian MRT secara komersial, PT MRT Jakarta menemukan beberapa kendala salah satunya gangguan teknis pada mesin tiket dan kepadatan pengguna di pintu masuk.