Kemudian, sebelum menanggapi analisis kedua, BJ Habibie menjawab untuk yang ketiga.
Dia menegaskan, sudah kewajiban baginya sebagai wakil untuk meneruskan kepemimpinan presiden yang mundur.
"Kalau presiden berhalangan, maka saya berkewajiban untuk melanjutkan perjuangan bangsa Indonesia, yang tercantum dalam ketetapan-ketetapan MPR," tegasnya.
Lalu, tibalah waktunya BJ Habibie memberi respons yang sudah dinanti-nanti Andy F Noya dan penonton di studio, tentang tudingan konspirasi menjatuhkan Soeharto.
"Orde baru itu dipimpin oleh dua: satu presiden terpilih yang menjadi pimpinan eksekutif dari pemerintah, yang satu adalah koordinator atau ketua harian dari, kalau di dalam sistem parlementer, dari, dalam hal ini, fraksi-fraksi yang bersatu, sehingga memiliki suara lebih dari 50 persen. Artinya bahwa koordinator dan ketua harian dari keluarga besar Golkar, yang terdiri dari tiga fraksi itu harus secara regular berunding dengan presiden terpilih," tutur politikus Golkar itu.
"Orang sudah enggak sabar, Pak Habibie ini mau ngomong apa sih sebenarnya?" timpal Andy F Noya.
"Mau ngomong, saya itu, dalam keadaan kritis tersebut, saya itu tidak sebagai wakil presiden, sebagai koordinator dari keluarga besar Golkar, berkewajiban untuk menyampaikan aspirasi rakyat melalui fraksinya kepada presiden terpilih," jawab BJ Habibie.
Lantas ia menyimpulkan, "Hubungan saya pribadi dengan Pak Harto tidak pernah ada sesuatu yang, apa namanya, kerikil, enggak ada, dan saya juga, maafkan, bukan apa-apa, itu normal."
Delapan tahun setelah wawancara tersebut, hubungan antara BJ Habibie dan Soeharto kembali dibahas oleh jurnalis Najwa Shihab di program Mata Najwa, yang saat itu masih disiarkan saluran televisi MetroTV.
BJ Habibie pun, dengan berapi-api, mengulang kembali perkataan Soeharto lewat telepon, saat menolak ajakannya untuk bertemu.
"Dia bilang, 'Tidak mungkin kamu ketemu dengan saya.' Saya jawab, 'Kenapa?'. Dia bilang 'Merugikan kita.' Kita itu bukan Pak Harto dan Habibie, kita bangsa Indonesia karena saya kenal Pak Harto," katanya.
Najwa Shihab lantas bertanya, "Apa ruginya dua pemimpin saling bertemu?"
"Ruginya, karena diadu domba. Dia kan orang yang sangat bijaksana dan tahu lapangan, lebih tahu dari Habibie," jawab politikus yang dikenal sebagai sosok suami panutan itu.
Soeharto, kata BJ Habibie, saat ditelepon hanya meminta dirinya untuk menghadapi dan menyelesaikan segala masalah yang mendera negeri.
"Saya itu jadi emosional. Saya mengatakan, "Pak Harto, yang bener aja dong. Saya juga manusia, punya perasaan. Kenapa saya tidak bisa ketemu dengan Pak Harto?"" ujar BJ Habibie.
"Terus dia bilang, 'Habibie, saya tahu kamu anak yang saleh, kamu salat lima kali sehari. Saya juga. Tapi kamu harus tahu satu. Tiap kali saya salat, Habibie, saya doa untuk kamu supaya kamu selamat dan sukses. Laksanakan tugasmu,'" tambahnya.
"Terus saya bilang, "Terima kasih, Pak." Saya letakkan itu (telepon), saya menangis, Ainun (Hasri Ainun Besari, istrinya) lihat."
Hingga Soeharto menutup mata pun, BJ Habibie tak lagi pernah bertemu dengannya.
Padahal, kata dia, saat Soeharto sakit, ia menyempatkan diri datang jauh-jauh dari Jerman dalam keadaan tidak begitu sehat. Malah, Ainun, yang juga datang bersamanya, sedang sakit keras.
Namun, begitu sampai di rumah sakit, ia tidak diperkenankan masuk menemui Soeharto.
"Akhirnya saya katakan, lho saya datang berapa juta meter dari Jerman naik pesawat terbang dengan ibu, keadaannya sakit, saya sendiri tidak begitu sehat, ibu apa lagi. Baiklah, di belakang dinding itu berbaring Pak Harto," ujar BJ Habibie.
"Baiklah, saya bilang sama Pak Quraish, kita doakan Pak Harto dari sini," imbuhnya.
"Keluarganya yang tidak memperbolehkan Anda menemui Pak Harto?" tanya Najwa Shihab.
"Ya karena Pak Harto enggak bisa bicara," jawab BJ Habibie, membuat seluruh penonton tertawa.
"Kalau dia masih sadar, Anda yakin, Pak Harto mau menemui Bacharuddin Jusuf Habibie?" tanya Najwa Shihab lagi.
BJ Habibie menjawab, "Saya yakin dia akan menjawab kalau dia tidak mau kenapa, kalau dia mau, dia bilang, silakan masuk."
Pada buku Detik-Detik yang Menentukan, yang diterbitkan dua tahun sebelum Soeharto meninggal, BJ Habibie menuliskan, hingga masa pemerintahannya berakhir, dirinya tak pernah mendapat jawaban, mengapa Soeharto sama sekali tak memberinya masukan ataupun informasi, baik tentang pemerintahan dan pengunduran dirinya, sehingga BJ Habibie merasa seakan harus memulai segalanya dari nol.
"Kemudian, pertanyaan yang tetap tak terjawabkan sampai saat ini adalah, "Mengapa Pak Harto tidak bersedia bertemu atau berkomunikasi dengan saya sampai saat ini?"
Menghadapi kenyataan sikap Pak Harto yang seolah "misterius" tersebut, Habibie yakin panutannya mempunyai alasan tersendiri.
Dalam bukunya, BJ Habibie menulis:
"Mungkin beranggapan bahwa sebaiknya biarlah saya tidak mengetahuinya. Dan saya ikhlas kalau memang begitu kehendak Pak Harto. Karena saya percaya sepenuhnya bahwa Allah SWT jualah dzat yang Maha Mengetahui atas segala seusatu tentang hamba-Nya. Dan sejarah jualah nanti yang akan mengungkap teka-teki kemisteriusan ini."