Pada 2003, Ilham Akbar Habibie menambah kompetensinya di bidang manajemen dengan menyabet gelar MBA dari School of Business, Universitas Chicago, Singapura.
Karier profesional dimulainya di Boeing, sebelum kemudian diminta kembali ke Indonesia untuk terlibat perancangan pesawat N-250 yang ikonis.
Ia lalu dipercaya sebagai Direktur Marketing di PT Dirgantara Indonesia dan menjadi bagian dari tim yang bekerja pada pesawat dalam negeri N-250.
Pada tahun 2004, Ilham Akbar Habibie memutuskan resign dan mengelola bisnis keluarga, Grup Ilthabi Rekatama, yang kemudian berkembang pesat.
Pengalaman dan wawasan bisnis membuat Ilham Akbar Habibie melejit, melayani berbagai posisi CEO dan komisaris, antara lain di PT Industrial Mineral Indonesia, PT Global Group Asia, serta jabatan komisaris di sejumlah perusahaan seperti PT Asuransi Wuwungan, PT Citra Tubindo Tbk, Mitra Energia Ltd., Sound Oil plc, dan lainnya.
Motivasi dan semangat membangun mimpi sang ayah mendorong Ilham Akbar Habibie menanamkan modal ke PT Regio Aviasi Industri, demi inovasi kedirgantaraan nasional.