Setelah era Soeharto, Sjafrie tetap menempati jabatan strategis, antara lain sebagai Asisten Teritorial (Aster) Kasum TNI, Staf Ahli Panglima TNI, Kepala Pusat Penerangan (Kapuspen) TNI, dan Sekretaris Jenderal Departemen Pertahanan (2005–2010).
Pada periode kedua pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, Sjafrie menjabat Wakil Menteri Pertahanan (2010–2014) dan kemudian Asisten Menteri Pertahanan bidang Manajemen Pertahanan (2019–2024).
Kini, sebagai Menko Polkam ad interim dan Menhan, Sjafrie menjadi figur penting dalam menjaga stabilitas politik dan pertahanan. Puncak penghargaan kariernya terlihat saat menerima Jenderal Kehormatan Bintang 4 dari Presiden Prabowo Subianto pada Agustus 2025.
Sjafrie pensiun dari TNI dengan pangkat terakhir Letnan Jenderal (bintang 3) sebelum dianugerahi gelar kehormatan tersebut.
Kedekatan Sjafrie dengan Prabowo Subianto makin menjadi sorotan publik. Prabowo mempercayai Sjafrie menduduki jabatan Menhan, dan kini keduanya bekerja sama di Kabinet Merah Putih.