Lepas kuliah, Sofyan Siroj mengajar di makhad al Hikmah juga Alqudwah dan Arrisalah di Jakarta dan Depok. Selanjutnya, menjadi dosen tetap di UIR dan diminta menjadi imam besar masjid kampus tersebut.
Tahun 1999, Sofyan berhenti menjadi dosen lantaran menjabat Ketua DPD Partai Keadilan Pekanbaru. Tahun 2000, ia menjadi satu-satunya Anggota Legislatif PK di DPRD Pekanbaru yang saat itu bergabung dengan fraksi PAN.