Karena HIV menyerang sistem kekebalan, komplikasi HIV dini yang sering terjadi adalah infeksi. Dengan kemajuan teknologi dan dunia medis saat ini, penderita HIV yang baru terdeteksi biasanya memiliki kemungkinan hidup optimal hingga bertahun-tahun karena penyakitnya tidak aktif.
Namun sampai di tahap akhir penyakit HIV yang disebut acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), komplikasi yang terjadi cukup banyak termasuk infeksi oportunistik terutama pada paru-paru dan otak serta kanker, yang dalam waktu singkat dapat berakibat fatal.